写好英语科技论文的诀窍-（中文多，适合看英文头疼的新手）
摘要: 1写好英语科技论文的诀窍：主动迎合读者期望，预先回答专家可能质疑周耀旗印地安那大学信息学院印地安那大学医学院计算生物学和生物信息中心以此文献给母校中国科技大学五十周年校庆前言我的第一篇英语科技论文写作是 ...
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文章的结构 典型的科学论文包括标题，摘要，引言，方法/实验步骤，结果，讨论，感谢，和参考文献。这样的结构是用 来帮助读者快速找到他们感兴趣的信息。把信息放错地方会使读者糊涂。常犯的错误是混淆事实(结果)和解释(讨论)。 讨论是对结果的解释及说明它的意义，而不是重复结果的描述。 一篇论文是从摘要，引言开始，这里建议从方法和结果部分开始写，因为你对方法和结果最熟悉，此外只有更 好地理解方法和结果，才能确定中心命题。而标题，引言和讨论的写作都需要中心命题。我们应该从最熟悉的事情 开始，就像读者从他们最熟悉的地方开始理解一样。 方法/实验步骤 如果文章是关于新的方法，技术，或算法，要非常详细地写它的新颖之处。要用有逻辑的、合理的方式来描述 它。这会帮助读者抓住新方法的要领。如果这个方法使用参数，则要把每一个参数(或参数的取值)合理化，或者是 以前用过的，或者可以从物理或数学推导出来，或者通过了广泛的测试及优化。如果无法保证它的合理性，那就必 7 须描述改变它会造成的影响(实际的结果应该在结果部分或讨论部分，方法部分仅包含影响的描述)。如果没有测试 它们的合理性，你应该解释为什么(做的代价太贵了？太费时间了？或者需要延期到将来做)。参数改变造成的影响 可以衡量方法是否Robust。Robust的方法应该是在参数改变很大的时候，结果也不会太大变化。 对于新方法的发展，你同样需要设计不同的方法来测试。让人信服就需要做尽可能多的测试。你所能找到或设 计的测试越多，你的工作就越会被其他人所接受和使用。 当完成了方法部分以后，问一问自己以下的问题：1)新的术语是不是都定义了？2)如果你是第一次读这部分， 你能否得到重复整个工作的所有信息？记住，不要隐藏任何窍门或使用的捷径。人们如果不能重复你的结果的话就 不会相信你的论文。永远不要弄虚作假！别人不是傻子。一山更比一山高。聪明的大有人在。如果你伪造数据，心 存侥幸不会被人发现。如果真的没人发现的话，那就是没有任何人想重复或使用你的结果，那只能说明你的结果根 本不值得发表，毫无意义。若要人不知，除非己莫为，这是千真万确的真理。 结果部分 当你开始写结果部分时，先考虑一下结果的意义。也就是说，你理解你的结果吗？这些结果是不是告诉了你更 深刻的东西？你能从很多不同角度来理解结果吗？你能设计证明或者反驳你的一些解释的新测试吗？ 如果你发现了新现象，你必须证明你的结果不是你方法制造出来的(讨论部分的一个好内容)。它可以在不同的 条件下重复吗？如果你发展了一个新方法，你必须证明这个方法的重要性。它是否改进了现有的方法？你的结果部 分必须用不同的角度或多重测试来支持新发现或验证新方法的重要性。 一旦你对结果有更好的理解，你需要决定卖点，也就是说这篇文章最有意义的一个观点是什么？确定这篇文章 的中心命题之后要组织所有的段落来证明、支持它，用数据(有必要的话再加数据)来证明它。同时也要排除其他可 能性。放弃与中心命题无关的数据，即使这些数据是很辛苦得来的。 标题 当你有了中心命题之后，就该决定文章的标题了。标题可以为你的方法，你的结果或结果的隐含意义做广告。 文章的标题一般只有一句。应该把最重要，最吸引人的信息放进标题。比如，标题 “Steric restrictions in protein folding: an alpha-helix cannot be followed by a contiguous beta-strand” 主要突出了结果。另一方面，标题“Interpreting the folding kinetics of helical proteins” 突出了结果的含义。用标题 “Native proteins are surface-molten solids: Application of the Lindemann criterion for the solid versus liquid state” 的话，同时突出了方法和结果的含义。注意 标题 “Native proteins are surface-molten solids” 是结果的解释，而不是结果本身。用既广泛又具体的标题，这样才 能吸引更多的读者。 引言部分 中心命题和标题都决定了以后，就该写引言了。第一件该做的事就是围绕中心命题来收集所有相关文献。搜索 并研究所有最近和相关的文章(通过对中心命题关键字的搜索或用引用索引)。确认你有所有最新的论文。引用所有 重要的文章。如果你不引用别人的文献，别人也不会引用你的！如果你想谁引用你的工作，你要先引用他的。你引 用的文章越多，他们越可能阅读并引用你的文章。因为人们更加关注引用他们的论文。仔细读你所引用的文章，避 免引用错误。在引用上，不要偷懒。 引言的第一句最难写，因为它决定了你整个引言的走向。我的办法是把第一句和文章的标题连起来。在第一段 以最基本和常见的术语来定义标题里用的一些术语。从这个术语，引入研究的领域和它的重要性。第二段应该对这 个研究领域作一个鉴定性的论述。如果中心命题是关于解决一个问题的方法。这一段就应该指出这个当前研究中现 存未解决的问题。描述解决这个问题的难度或挑战。 第三段引入你提出的办法和它大致会带来什么效果。你可以大 略地描述你的结果和它的含义。这里有个例子。 8 Assessing secondary structure assignments of protein structures by using pairwise sequence-alignment benchmarks The secondary structure of a protein refers to the local conformation of its polypeptide backbone. Knowing secondary structures of proteins is essential for their structure classification1,2, understanding folding dynamics and mechanisms3-5, and discovering conserved structural/functional motifs6,7. Secondary structure information is also useful for sequence and multiple sequence alignment8,9, structure alignment10,11, and sequence to structure alignment (or threading)12-15. As a result, predicting secondary structures from protein sequences continues to be an active field of research16-18 fifty six years after Pauling and Corey19-20 first predicted that the most common regular patterns of protein backbones are the α-helix and the β-sheet. Prediction and application of protein secondary structures rely on prior assignment of the secondary-structure elements from a given protein structure by human or computational methods. Many computational methods have been developed to automate the assignment of secondary structures. Examples are DSSP,STRIDE, DEFINE, P-SEA, KAKSI,P-CURVE, XTLSSTR, SECSTR, SEGNO, and VoTAP. These methods are based on either the hydrogen-bond pattern, geometric features, expert knowledge or their combinations. However, they often disagree on their assignments. For example, disagreement among DSSP, P-CURVE, and DEFINE can be as large as 25%. More beta sheet is assigned by XTLSSTR and more pi-helix by SECSTR than by DSSP. The discrepancy among different methods is caused by non-ideal configurations of helices and sheets. As a result, defining the boundaries between helix, sheet, and coil is problematical and a significant source of discrepancies between different methods. Inconsistent assignment of secondary structures by different methods highlights the need for a criterion or a benchmark of “standard” assignments that could be used to assess and compare assignment methods. One possibility is to use the secondary structures assigned by the authors who solved the protein structures. STRIDE, in fact, has been optimized to achieve the highest agreement with the authors’ annotations. However, it is not clear what is the criterion used for manual or automatic assignment of secondary structures by different authors. Another possibility is to treat the consensus prediction by several methods as the gold standard. However, there is no obvious reason why each method should weight equally in assigning secondary structures and which method should be used in consensus. Other used criteria include helix-capping propensity, the deviation from ideal helical and sheet configurations, and structural accuracy produced by sequence-to-structure alignment guided by secondary structure assignment. In this paper, we propose to use sequence-alignment benchmarks for assessing secondary structure assignments. These benchmarks are produced by 3D-structure alignment of structurally homologous proteins. Instead of assessing the accuracy of secondary-structure assignment directly, which is not yet feasible, we compare the two assignments of secondary structures in structurally aligned positions. We assume that the best method should assign the same secondary-structure element to the highest fraction of structurally aligned positions. Certainly, structurally aligned positions do not always have the same secondary structures. Moreover, different structure-alignment methods do not always produce the same result. Nevertheless, this criterion provides a mean to locate a secondary-structure assignment method that is most consistent with tertiary structure alignment. We suggest that this approach provides an objective evaluation of secondary structure assignment methods. 在这个例子里，标题推荐了一个评估指派蛋白质二级结构的方法。第一段以二级结构的定义开始（与标题相连)。整 段描述了二级结构的重要性。最后一句过渡到指派二级结构的计算方法（下一段的主题)。注意“计算方法”放在句 9 子的最后是为了强调而且和第二段的开始连接在起来。第二段则聚焦在计算方法中存在的问题。旧信息“计算方法” 逐渐的变到了“他们的不一致”。第三段的第一句把主题从“不一致”（旧信息）转变成了“评估的办法”（新信 息)。然后，介绍了这个领域已有的工作。第四段引入新方法并讨论了新方法的优点。第五段（这里没有给出）将会 简要地讨论结果。每一个引言应该 包括研究领域的介绍和意义，做这工作的具体原因，结果和隐含的意义。一般而 言，读者读完引言，对论文的来龙去脉就应该清清楚楚了。 |
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